被指出CRISPR library设计有问题，Cell撤稿
发布时间：2025-12-06 10:47 浏览量：2
一年前发表的一篇Cell paper，作者基于CRISPR-Cas13，建立了一种CRISPR screening tool，用于系统性研究non-coding RNA，lncRNA，在基因组中的功能。作者通过在不同human cell lines筛选鉴定出了 778 个必需的 lncRNA，它们在人类癌症和发育中发挥着必不可少的重要作用。
更令人惊喜的是这个screening tool的功能并不局限于lncRNA，还可以直接应用于其他非non-coding RNA 的筛选，包括enhancer RNA、circRNA等。由于其对non-coding RNA的研究突破，这篇paper最终发表在Cell上。
两天前，这篇发表不到一年的paper被作者主动撤稿。原因是同样研究molecular oncology&functional genomics的Dr. Roland Rad指出，文中设计的gRNA library并没有过滤掉那些与其他基因序列差不多、可能会被错误剪切的gRNA（not filtered to remove potential off-targets elsewhere in the human transcriptome），这些gRNA可能会错剪其他蛋白编码基因或者lncRNA。
简单点来说，positive的实验结果可能并不是因为目的基因重要、而是“被误剪的其他基因”造成的假象。
作者在收到质疑后，过滤掉了错误gRNA，发现得到的关键lncRNA发生了重大变化，因为决定撤稿。并准备将更正后的结果尝试重新发表。
这是好长一段时间内，在顶刊上看到的因为fundamental technique flaw问题撤稿的，这种级别的flaw可以说撤得毫不挣扎。不过，这种是不是应该算honest mistake…
更令人惊喜的是这个screening tool的功能并不局限于lncRNA，还可以直接应用于其他非non-coding RNA 的筛选，包括enhancer RNA、circRNA等。由于其对non-coding RNA的研究突破，这篇paper最终发表在Cell上。
两天前，这篇发表不到一年的paper被作者主动撤稿。原因是同样研究molecular oncology&functional genomics的Dr. Roland Rad指出，文中设计的gRNA library并没有过滤掉那些与其他基因序列差不多、可能会被错误剪切的gRNA（not filtered to remove potential off-targets elsewhere in the human transcriptome），这些gRNA可能会错剪其他蛋白编码基因或者lncRNA。
简单点来说，positive的实验结果可能并不是因为目的基因重要、而是“被误剪的其他基因”造成的假象。
作者在收到质疑后，过滤掉了错误gRNA，发现得到的关键lncRNA发生了重大变化，因为决定撤稿。并准备将更正后的结果尝试重新发表。
这是好长一段时间内，在顶刊上看到的因为fundamental technique flaw问题撤稿的，这种级别的flaw可以说撤得毫不挣扎。不过，这种是不是应该算honest mistake…